Descripción de polimorfismos genéticos en CYP3A5 y MDR-1 y su impacto en el rechazo agudo clínico de pacientes trasplantados de hígado del Hospital San Vicente Fundación Rionegro / Description of genetic polymorphisms in CYP3A5 and MDR-1 and their impact on clinical acute rejection in liver transplant patients at Hospital San Vicente Fundación Rionegro

Introducción. El tacrolimus es un medicamento inmunosupresor ampliamente usado en trasplante hepático, que presenta una gran variabilidad interindividual la cual se considera asociada a la frecuencia de polimorfismos de CYP3A5 y MDR-1. El objetivo de este estudio fue evaluar la frecuencia de los polimorfismos rs776746, rs2032582 y rs1045642 y su asociación con rechazo clínico y toxicidad farmacológica. Métodos. Se incluyeron pacientes inmunosuprimidos con tacrolimus a quienes se les realizó trasplante hepático en el Hospital San Vicente Fundación Rionegro entre 2020 y 2022, con supervivencia mayor a un mes. Se evaluaron las variables clínicas, rechazo agudo y toxicidad farmacológica. Se secuenciaron los genes de estudio mediante PCR, comparando la expresión o no en cada uno de los pacientes. Resultados. Se identificaron 17 pacientes. El 43 % de los pacientes se clasificaron como CYP3A5*1/*1 y CYP3A5*1/*3, entre los cuales se encontró asociación con aumento en la tasa de rechazo agudo clínico, al comparar con los pacientes no expresivos (100 % vs. 44 %, p=0,05); no hubo diferencias en cuanto a la toxicidad farmacológica u otros desenlaces. Se encontró el polimorfismo rs2032582 en un 50 % y el rs1045642 en un 23,5 % de los pacientes, sin embargo, no se identificó asociación con rechazo u otros eventos clínicos. Conclusiones. Se encontró una asociación entre el genotipo CYP3A5*1/*1 y CYP3A5*1/*3 y la tasa de rechazo clínico. Sin embargo, se requiere una muestra más amplia para validar estos datos y plantear modelos de medicina personalizada.

Introduction. Tacrolimus is an immunosuppressive drug widely used in liver transplantation, which presents great interindividual variability which is considered associated with the frequency of CYP3A5 and MDR-1 polymorphisms. The objective of this study was to evaluate the frequency of the rs776746, rs2032582 and rs1045642 polymorphisms and their association with clinical rejection and drug toxicity. Methods. Immunosuppressed patients with tacrolimus who underwent a liver transplant at the Hospital San Vicente Fundación Rionegro between 2020 and 2022 were included, with survival of more than one month. Clinical variables, acute rejection and pharmacological toxicity were evaluated. The study genes were sequenced by PCR, comparing their expression or not in each of the patients. Results. Seventeen patients were identified. 43% of the patients were classified as CYP3A5*1/*1 and CYP3A5*1/*3, among which an association was found with increased rates of clinical acute rejection when compared with non-expressive patients (100% vs. 44%, p=0.05). There were no differences in drug toxicity or other outcomes. The rs2032582 polymorphism was found in 50% and rs1045642 in 23.5% of patients; however, no association with rejection or other clinical events was identified. Conclusions. An association was found between the CYP3A5*1/*1 and CYP3A5*1/*3 genotype and the clinical rejection rate. However, a larger sample is required to validate these data and propose models of personalized medicine.

Genetic, sociodemographic and lifestyle factors associated with serum 25-hydroxyvitamin D concentrations in Brazilian adults: the Pró-Saúde Study / Fatores genéticos, sociodemográficos e de estilo de vida nas concentrações séricas de 25-hidroxivitamina D em adultos brasileiros: o Estudo Pró-Saúde / Factores genéticos, sociodemográficos y estilo de vida asociados con la concentración sérica 25-hidroxivitamina D en adultos brasileños: Estudio Pro-Salud

This study aims to investigate factors associated with serum 25-hydroxyvitamin D [25(OH)D] concentration in Brazilian adults considering sociodemographic and lifestyle factors, as well as vitamin D-related single nucleotide polymorphisms (SNPs). This is a cross-sectional study (n = 491; 34-79y; 251 women), nested within a prospective cohort (Pró-Saúde Study). Associations between serum 25(OH)D and sociodemographic characteristics, diet, use of supplement, physical activity, season of blood collection, body fat, skin type, sun exposure index, and SNPs CYP2R1-rs10741657 and GC-rs2282679 were explored by multiple linear regression. The prevalence of serum 25(OH)D < 50nmol/L was 55%. Serum 25(OH)D was lower among women (β = -4.38; 95%CI: -8.02; -0.74), those with higher visceral fat (β = -4.02; 95%CI: -5.92; -2.12), and those with AC and CC genotypes for GC-rs2282679 (β = -6.84; 95%CI: -10.09; -3.59; β = -10.63; 95%CI: -17.52; -3.74, respectively). Factors directly associated with serum 25(OH)D included summer (β = 20.14; 95%CI: 14.38; 25.90), intermediate skin type (β = 6.16; 95%CI: 2.52; 9.80), higher sun exposure (β = 0.49; 95%CI: 0.22; 0.75), vitamin D intake (β = 0.48; 95%CI: 0.03; 0.93), and physical activity (β = 4.65; 95%CI: 1.54; 7.76). Besides physical activity, diet, and sun exposure, non-modifiable factors, such as GC genotypes must be considered when evaluating vitamin D insufficiency in mixed-race populations. Moreover, high visceral fat in association with poorer vitamin D status deserve attention given that both conditions are unfavorably related with chronic and acute health outcomes.

Este estudo teve como objetivo investigar fatores associados com as concentrações séricas de 25-hidroxivitamina [25(OH)D] em adultos brasileiros de acordo com fatores sociodemográficos e de estilo de vida, assim como de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) relacionados à vitamina D. Este é um estudo transversal (n = 491; 34-79 anos; 251 mulheres) aninhado em uma coorte prospectiva (Estudo Pró-Saúde). Associações entre a 25(OH)D sérica e características sociodemográficas, consumo alimentar, uso de suplementos, atividade física, estação do ano na coleta da amostra de sangue, gordura corporal, fototipo de pele, índice de exposição solar e SNPs CYP2R1-rs10741657 e GC-rs2282679, explorados por regressão multilinear. A prevalência de 25(OH)D sérica < 50nmol/L foi 55%. A concentração sérica de 25(OH)D foi menor entre mulheres (β = -4,38; IC95%: -8,02; -0,74), indivíduos com mais gordura visceral (β = -4,02; IC95%: -5,92; -2,12) e genótipos AC e CC para GC-rs2282679 (β = -6,84; IC95%: -10,09; -3,59 e β = -10,63; IC95%: -17,52; -3,74, respectivamente). Os fatores associados diretamente à 25(OH)D sérica incluíram os meses de verão (β = 20,14; IC95%: 14,38; 25,90), fototipo intermediário (β = 6,16; IC95%: 2,52; 9,80), maior exposição solar (β = 0,49; IC95%: 0,22; 0,75), ingestão de vitamina D (β = 0,48; IC95%: 0,03; 0,93) e atividade física (β = 4,65; IC95%: 1,54; 7,76). Além de atividade física, dieta e exposição solar, fatores não modificáveis, tais como variantes do gene GC devem ser considerados na avaliação da deficiência de vitamina D em populações miscigenadas. Além disso, merece atenção a associação entre a gordura visceral elevada e o pior estado de vitamina D, uma vez que ambas as condições implicam em desfechos de saúde desfavoráveis, tanto crônicos quanto agudos.

Nuestro objetivo fue investigar factores asociados con la concentración sérica 25-hidroxivitamina D [25(OH)D] en adultos brasileños, considerando factores sociodemográficos y de vida, así como también los polimorfismos de nucleótido único relacionados con la vitamina D (SNPs). Se trata de un estudio transversal (n = 491; 34-79 años; 251 mujeres), anidado dentro de una cohorte prospectiva (Estudio Pro-Salud). Se investigaron las asociaciones entre concentración sérica 25(OH)D y características sociodemográficas, ingesta alimentaria, uso de suplementos, actividad física, estación del año de recogida de muestras de sangre, grasa corporal, tipo de piel, índice de exposición al sol, y SNPs CYP2R1-rs10741657 y GC-rs2282679 mediante una regresión múltiple lineal. La prevalencia sérica 25(OH)D < 50nmol/L fue 55%. La 25(OH)D sérica fue menor entre las mujeres (β = -4,38; IC95%: -8,02; -0,74), quienes tenían alta grasa visceral (β = -4,02; IC95%: -5,92; -2,12), genotipos AC y CC para GC-rs2282679 (β = -6,84; IC95%: -10,09; -3,59 y β = -10,63; IC95%: -17,52; -3,74, respectivamente). Los factores directamente asociados con la concentración sérica 25(OH)D incluyeron verano (β = 20,14; IC95%: 14,38; 25,90), tipo de piel intermedia (β = 6,16; IC95%: 2,52; 9,80), más alta exposición al sol (β = 0,49; IC95%: 0,22; 0,75), toma de vitamina D (β = 0,48; IC95%: 0,03; 0,93) y actividad física (β = 4,65; IC95%: 1,54; 7,76). Además de la actividad física, dieta y exposición al sol, los factores no modificables, tales como genotipos GC, necesitan tenerse en cuenta cuando se está evaluando la insuficiencia de vitamina D en poblaciones mestizas. Asimismo, las implicaciones de la asociación de una alta grasa visceral con un estatus más pobre de vitamina D merece que se le preste atención, puesto que ambas condiciones de salud están relacionadas desfavorablemente con resultados de salud graves y crónicos.

Association of IL-1ß +3954 G>A and IL-6 -174 G/C polymorphisms in congenital toxoplasmosis / Asociación de polimorfismos de IL-1ß +3954 G>A e IL-6-174 G/C en la toxoplasmosis congénita

Toxoplasmosis is caused by infection with the protozoan parasite Toxoplasma gondii, that has the capacity to infect all warm-blooded animals worldwide. The purpose of this investigation was to determine the distribution of genotypes and alleles in miscarriages woman as a result of Toxoplasma gondii infection associated with interleukin-1β and interleukin-6 polymorphisms. A total of 125 miscarriage women suspected of toxoplasma infection and 50 healthy pregnant without previous miscarriage as control were enrolled in this study. The cases were screened for anti-toxoplasma IgM and IgG by ELISA test. Among the 125 miscarriage women, only 50 were positive to anti-Toxoplasma gondii IgG and IgM antibodies. The present study focused on assay the genotypes at IL-6 -174 G/C and IL-1β +3954 G>A to establish the associations between genetic polymorphisms and infection with Toxoplasma gondii. Results showed that the altered IL-1β GA, AA genotypes were high significant elevated in miscarriage women with toxoplasmosis (P=0.03), OR = 10 and 95 percent confidence intervals (1.32-81.48); (P=0.0007), OR = 0.07 and 95 percent confidence interval (0.01-0.32). The genotype GC at IL-6 (G/C) appears to be highly correlated with infection (P=0.01); OR = 3.18 and 95 percent confidence interval, (1.22- 8.30). In terms of allelic heterogeneity, C alleles were significantly more common in infected than uninfected cases for IL-6, while A allele is common in IL-1β single nucleotide polymorphisms (P =0.050). Furthermore, this study demonstrates that there is a strong and highly significant association between two forms of single nucleotide polymorphisms and the increased risk for toxoplasmosis. Genotypes of these polymorphism should be considered when evaluating genetic effects on toxoplasmosis incidence. However, to improve the prediction of this disease predisposition, a further study based on a larger cohort of patients is warranted(AU)

La toxoplasmosis es causada por la infección con el parásito protozoario Toxoplasma gondii, que tiene la capacidad de infectar a todos los animales de sangre caliente en todo el mundo. El propósito de esta investigación fue determinar la distribución de genotipos y alelos en mujeres con abortos espontáneos como resultado de la infección por Toxoplasma gondii asociada con polimorfismos de interleucina 1β e interleucina 6. Se inscribieron en este estudio un total de 125 mujeres con aborto espontáneo sospechosas de infección por toxoplasma y 50 embarazadas sanas, sin aborto espontáneo previo, como control. Los casos se examinaron para detectar IgM e IgG anti-toxoplasma mediante la prueba ELISA. Entre las 125 mujeres que sufrieron un aborto espontáneo, solo 50 fueron positivas a anticuerpos IgG e IgM anti-Toxoplasma gondii. El presente estudio se centró en analizar los genotipos de IL-6-174 G/C e IL-1β +3954 G>A para establecer las asociaciones entre polimorfismos genéticos e infección por Toxoplasma gondii. Los resultados mostraron que los genotipos alterados de IL-1β GA, AA fueron significativamente elevados en mujeres con aborto espontáneo con toxoplasmosis (P = 0,03), OR = 10 e intervalos de confianza del 95 por ciento (1,32-81,48); (P = 0,0007), OR = 0,07 e intervalo de confianza del 95 por ciento (0,01-0,32). El genotipo GC de IL-6 (G/C) parece estar altamente correlacionado con la infección (P = 0.01); OR = 3,18 e intervalo de confianza del 95%, (1,22- 8,30). En términos de heterogeneidad alélica, los alelos C fueron significativamente más comunes en los casos infectados que en los no infectados para la IL-6, mientras que el alelo A es común en los polimorfismos de nucleótido simple de IL-1β (P = 0.050). Además, este estudio demuestra que existe una asociación fuerte y altamente significativa entre dos formas de polimorfismos nucleótido simple y el mayor riesgo de toxoplasmosis. Se deben considerar los genotipos de estos polimorfismos al evaluar los efectos genéticos sobre la incidencia de la toxoplasmosis. Sin embargo, para mejorar la predicción de esta predisposición a la enfermedad, se justifica un estudio adicional basado en una cohorte más grande de pacientes(AU)

SNP-SNP interactions in the BDNF, COMT, CBR1 and CCK genes, associated with post-traumatic stress disorder in urban residents of Itagüí, Colombia / Interacciones SNP-SNP en los genes BDNF, COMT, CBR1 y CCK asociadas al trastorno de estrés postraumático en la población urbana de Itagüí, Colombia

Abstract Introduction: Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the BDNF, COMT, CBR1 and CCK genes have been associated with the process of fear extinction in humans. Since fear extinction plays a key role in recovering from psychological trauma, there is a possibility that these genes modulate the risk of developing post-traumatic stress disorder (PTSD). Objective: To assess unilocus and multilocus associations between SNPs in the BDNF, COMT, CBR1 and CCK genes and the risk of developing PTSD. Materials and methods: 129 inhabitants of the municipality of Itagüí, Colombia, who had experienced psychological trauma at least once, were genotyped for these polymorphisms (38 cases of PTSD and 91 controls). Logistic regression was used to perform unilocus and multilocus association tests for single SNPs and existing SNP-SNP genotypic combinations. Results: No unilocus associations were found, but interactions between the BDNF and CBR1 genes and between the COMT and CCK genes were observed. Of these interactions, the genotypic combinations that behaved as risk factors were AG-AA (OR=13.52, p<0.05) in the BDNF-CBR1 interaction, and TC-AA (OR=13.70, p<0.05) in the CCK-COMT interaction. Conclusions: The two pairs of interacting polymorphisms found in this study could act additively and generate a greater risk of developing PTSD after suffering psychological trauma. People who have a single allele have a lower risk of developing PTSD than those who have two alleles in the interacting genes.

Resumen Introducción. Los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP, por su sigla en inglés) en los genes BDNF, COMT, CBR1 y CCK han sido asociados con el proceso de extinción del miedo en humanos. Dado que la extinción del miedo es clave para la recuperación del trauma psicológico, es posible que estos genes modulen el riesgo de desarrollar trastorno de estrés postraumático (TEPT). Objetivo. Evaluar las asociaciones unilocus y multilocus entre los SNP en los genes BDNF, COMT, CBR1 y CCK y el riesgo de desarrollar TEPT. Materiales y métodos. 129 habitantes del municipio de Itagüí, Colombia, que habían experimentado trauma psicológico al menos una vez, fueron genotipificados para estos polimorfismos (38 casos de TEPT y 91 controles). Se realizaron pruebas de asociación unilocus y multilocus por regresión logística para SNP únicos y las combinaciones genotípicas SNP-SNP existentes. Resultados. No se encontraron asociaciones unilocus, pero se observaron interacciones entre BDNF y CBR1, y CCK y COMT. De estas interacciones, las combinaciones genotípicas que se comportaron como factores de riesgo fueron AG-AA (OR=13.52, p<0.05) de BDNF-CBR1 y TC-AA (OR=13.70, p<0.05) de CCK-COMT. Conclusiones: Los dos pares de polimorfismos en interacción encontrados en el presente estudio podrían actuar de forma aditiva y generar un mayor riesgo de desarrollar TEPT después de sufrir trauma psicológico. Quienes portan un solo alelo tienen un menor riesgo de desarrollar el trastorno que quienes portan dos alelos en genes que interactúan entre sí.

Evaluación genómica en ganado Holstein Colombiano, usando genotipos imputados a densidad media / Genomic Evaluation of Colombian Holstein Cattle Using Imputed Genotypes at Medium Density

RESUMEN Objetivo. El objetivo de este estudio fue determinar la precisión y el sesgo de predicción de valores genómicos directos (VGD) usando genotipos imputados a densidad media, en características productivas y reproductivas en ganado Holstein de Antioquia, Colombia. Materiales y métodos. Fueron genotipificados 31 animales con el chip Illumina BovineLD, 64 con el chip Illumina BovineSNP50v2 y 48 con el chip Illumina BovineHD. La imputación se realizó usando dos paneles de SNPs (6K y 40K) a una densidad 44K, usando el programa FINDHAP.f90 v4. Los efectos de los SNPs fueron estimados mediante el método bayes C, usando genotipos de baja densidad (6K) y genotipos imputados a una densidad media (44_imputado). La precisión y el sesgo de los VGDs fueron determinados mediante validación cruzada. Las características evaluadas fueron: producción de leche (PL), porcentaje de proteína (PRO), porcentaje de grasa (GRA), puntaje de células somáticas (SCS), intervalo entre partos (IEP) y días abiertos (DA). Resultados. Las precisiones de VGD (rpVGD.EBV) en todas las características evaluadas oscilaron entre 0.19 y 0.24 y el sesgo (bVGD.EBV) entre 0.03 y 0.16 cuando se usó el panel 6K y usando el panel 44K_imputado las precisiones fueron mayores, oscilado entre 0.24 y 0.33 y sesgo entre 0.03 y 0.26. Conclusiones. La precisión de predicción de los VGDs fue mayor cuando se usaron genotipos imputados a densidad media, en comparación con la precisión de predicción obtenida empleando genotipos de baja densidad. Por lo cual, en este estudio se concluye que la imputación de genotipos es muy útil dado que aumenta la confiabilidad de la evaluación genómica.

ABSTRACT Objective. The goal of this study was to determine the accuracy and bias of direct genomic values (DGV) using imputed genotypes at medium density in yield- and reproduction-related traits for Holstein cattle from Antioquia, Colombia. Materials and Methods. A total of 31 animals were genotyped with the Illumina BovineLD chip, 64 with Illumina BovineSNP50v2 and 48 with Illumina BovineHD. Two SNP panels (6K and 40K) were imputed to a density of 44K using the FINDHAP.f90 v4 program. The effects of the SNPs were estimated using the Bayes C method, using low-density (6K) genotypes as well as medium-density imputed genotypes (44_imputed). The accuracy and bias of the DGVs were determined by cross-validation. The evaluated traits were: milk yield (MY), percentage of protein (PP), percentage of fat (PF), somatic cell score (SCS), calving interval (CI) and open days (OD). Results. When using the 6K panel, the accuracy values for DGV (rpDGV.EBV) in all the studied traits ranged from 0.19 to 0.24, and the bias (bDGV.EBV) from 0.03 to 0.16. In contrast, using the 44K_imputed panel generated higher accuracy values ranging from 0.24 to 0.33 and a bias ranging from 0.03 to 0.26. Conclusions. The accuracy of prediction the DGV was higher with genotypes imputed to medium densities when compared to the accuracy of prediction obtained using low-density genotypes. Therefore, in this study it is concluded that the imputation of genotypes is very useful, because it improves the reliability of the genomic evaluation.

Influencia del polimorfismo rs11549465 de HIF-1α en los niveles de hemoglobina y lactato en pacientes de cirugía cardiovascular / Influence of HIF-1α rs11549465 polymorphism on hemoglobin and lactate levels in cardiovascular surgery patients

Resumen Introducción. La anemia perioperatoria es una complicación común de la cirugía cardiovascular. Pacientes con el alelo T del polimorfismo rs11549465 de HIF-1α podrían tener niveles alterados de hemoglobina y lactato antes, durante y después de la cirugía, en comparación con los del ancestral. Esto, por un aumento en la estabilidad de HIF-1α causado por este. Objetivo. Describir la frecuencia del alelo T en pacientes de cirugía cardiovascular programada y su relación con los niveles de hemoglobina y lactato. Materiales y métodos: Se aisló ADN de 84 pacientes de cirugía cardiovascular para genotipificación por secuenciación de Sanger y se recolectaron características demográficas y clínicas. Resultados. La frecuencia del alelo T fue 0.066 (IC95%: 0.037-0.114). No hubo diferencias significativas en los niveles de hemoglobina y lactato preoperatorios, intraoperatorios y posoperatorios entre pacientes con alelo T y aquellos con alelo ancestral. Conclusión. La frecuencia del alelo T fue menor que la esperada, de acuerdo con otros estudios en poblaciones similares de voluntarios sanos y no mostró diferencias significativas con algunas poblaciones asiáticas, ni con un grupo de pacientes con infarto agudo de miocardio. Parece que la genotipificación de rs11549465 en pacientes de cirugía cardiovascular no representó un método de estratificación de riesgo de anemia en este grupo.

Abstract Introduction: Perioperative anemia is a common complication of cardiovascular surgery. Patients who present the T allele of the HIF-1α rs11549465 polymorphism may have altered hemoglobin and lactate levels before, during and after surgery, compared to the wild-type allele, due to an increased stability of HIF-1α caused by this allele. Objective: To describe the frequency of the T allele in patients scheduled for cardiovascular surgery, and its relationship with hemoglobin and lactate levels. Materials and methods: DNA was isolated from 84 cardiovascular surgery patients for genotyping by Sanger sequencing. Demographic and clinical characteristics were collected. Results: The frequency of the T allele was 0.066 (95%CI: 0.0370.114). No significant differences were observed in preoperative, intraoperative, and postoperative hemoglobin and lactate levels between patients with the T allele and those with the wild-type allele. Conclusion: The frequency of the T allele is lower than expected according to other studies in healthy volunteers. No significant differences were observed in some Asian populations, nor in a group of acute myocardial infarction patients. Apparently, rs11549465 genotyping in cardiovascular surgery patients is not a valid risk stratification method for anemia in this group.

Polimorfismos en los genes MTHFR e IL-10 y factores de riesgo en pacientes con cáncer gástrico del municipio de San José de Cúcuta, Colombia / Polymorphisms in MTHFR and IL-10 Genes and Risk Factors in Patients with Gastric Cancer in the Municipality of San José de Cúcuta, Colombia

Introducción: el cáncer gástrico es una de las neoplasias de mayor interés en el mundo por su incidencia y mortalidad asociada. Se consideran tres factores relacionados con la ocurrencia del carcinoma gástrico: infección por Helicobacter pylori, susceptibilidad genética del huésped y factores ambientales. Objetivo: evaluar los polimorfismos C677T, A592C y T819C y factores de riesgo en pacientes con cáncer gástrico del municipio San José de Cúcuta. Métodos: aplicación de encuestas para detectar factores de riesgo, determinación de infección por Helicobacter pylori, genotipificación de polimorfismos mediante PCR-RFLP y análisis estadístico. Resultados: el análisis de factores de riesgo en los pacientes del grupo de casos mostró un consumo de tabaco, alcohol, y sal en el 68,8%, e infección por Helicobacter pylori de 75%; se determinó que el 68,8% tenían antecedentes familiares de cáncer y el 75% enfermedades gástricas preexistentes. El grupo control presentó un consumo de alcohol y tabaco inferior al de los pacientes del grupo de casos, alto consumo de verduras (64%) y valor similar de infección por Helicobacter pylori (80%). El análisis del polimorfismo C677T mostró mayor frecuencia en los pacientes del grupo de casos y grupo control para el alelo salvaje; los polimorfismos A592C y T819C presentaron mayor frecuencia del alelo mutado en los pacientes del grupo de casos y grupo control. El polimorfismo C677T no evidenció asociación significativa con la probabilidad de cáncer gástrico. Los polimorfismos A592C y T819C no registraron diferencias significativas entre los pacientes del grupo de casos y grupo control. Conclusión: aunque no se observaron diferencias significativas en las variantes genéticas, al evaluar los factores ambientales se detectaron distintos patrones entre los pacientes del grupo de casos y grupo control, lo cual probablemente explicaría la ausencia de la enfermedad en individuos sanos.

Introduction: gastric cancer is one of more concern neoplasms around the world due to its incidence and associated mortality. Helicobacter pylori infection, host genetic susceptibility and environmental factors are considered the causes of gastric carcinoma occurrence. Objective: to evaluate the C677T, A592C and T819C polymorphisms and risk factors in patients with gastric cancer in the municipality of San José de Cúcuta. Methods: application of surveys for determining risk factors, detection of serologic response to H. pylori infection, genotyping of polymorphisms using PCR-RFLP and statistical analysis. Results: the analysis of risk factors in the cases showed consumption of tobacco, alcohol, and salt in 68.8% and H. pylori infection in 75% of cases; 68.8% had a family history of cancer and 75% had preexisting gastric disease. The control population had lower consumption of alcohol and tobacco comparing to the cases group, high consumption of vegetables (64%) and similar value of H. pylori infection (80%). Analysis of the C677T polymorphism revealed predominance of the wild-type allele in both cases and controls with no evidence of association with the developing of gastric cancer; the polymorphisms A592C and T819C presented higher frequency of the mutated allele in both groups, with no significant differences between cases and controls. Conclusions: although no significant differences were observed in the genetic variants, different patterns were detected between cases and controls regarding the evaluation of environmental factors, which would probably explain the absence of the disease in healthy individuals.

Polimorfismos de los genes LEP , LDLR , APOA4 y sus relaciones con el sobrepeso, la obesidad y el riesgo de enfermedades crónicas en adultos del estado Sucre, Venezuela / LEP , LDLR and APOA4 gene polymorphisms and their relationship with the risk of overweight, obesity and chronic diseases in adults of the State of Sucre, Venezuela

Introducción. La prevalencia del sobrepeso, la obesidad y algunas enfermedades crónicas no transmisibles ha aumentado; sus causas pueden ser genéticas, epigenéticas o ambientales, por lo cual es importante evaluar la variabilidad en estas interacciones. Objetivo. Analizar las relaciones entre nueve polimorfismos de nucleótido simple de los genes LEP (rs2167270), LDLR (rs885765, rs688, rs5925, rs55903358, rs5742911) y APOA4 (rs5095, rs675, rs5110), y los fenotipos asociados al sobrepeso, la obesidad y otras enfermedades concomitantes. Materiales y métodos. Se evaluaron parámetros clínicos y antropométricos en 144 sujetos del estado Sucre, Venezuela, 76 hombres y 68 mujeres , con medias de edad de 29,93±8,29 y 32,49±11,15 años, respectivamente. Se hizo la genotipificación de los polimorfismos seleccionados mediante enzimas de restricción; se estudiaron las asociaciones entre genotipo y riesgo, y se compararon los promedios de las medidas antropométricas y bioquímicas previamente ajustadas a variables biológicas y ambientales. Resultados. Según el índice de masa corporal (IMC), el 38,9 % de los individuos tenía sobrepeso (25=IMC=29,9 kg/m 2 ) y el 20,1 %, obesidad (IMC=30 kg/m 2 ) . Las frecuencias genotípicas y alélicas de los grupos con un índice de masa corporal normal y uno alto (sobrepeso y obesidad) resultaron similares. Solo se encontró asociación entre el genotipo ancestral A/A del rs5742911 y el riesgo alto por los niveles de la lipoproteína de alta densidad o colesterol HDL (OR=2,944, IC 95% 1,446-5,996; p=0,003). La diferencia entre los promedios corregidos de colesterol HDL para los genotipos del rs5742911 resultó significativa (p=0,005) (A/A: 41,50±14,81 mg/dl; A/G: 45,00±12,07 mg/dl; G/G: 47,17±9,43 mg/dl). Conclusión. En la mayoría de las variantes genéticas estudiadas, se registró la asociación con el sobrepeso y la obesidad de los genotipos ancestrales, aunque sin ser significativa. El polimorfismo rs5742911 podría resultar útil como indicador del riesgo de enfermedades crónicas.

Introduction: Overweight, obesity and some chronic diseases have become more prevalent recently. It is well known that their causes may be genetic, epigenetic, environmental, or a mixture of these. Objective: To analyze the relationship between nine single nucleotide polymorphisms of genes LEP (rs2167270) , LDLR (rs885765, rs688, rs5925, rs55903358, rs5742911) and APOA4 (rs5095, rs675, rs5110) with obesity-related phenotypes and other comorbidities. Material and methods: We recruited 144 adults (76 males and 68 females, with average ages of 29.93±8.29 and 32.49±11.15 years, respectively) in the State of Sucre, Venezuela. Clinical and anthropometric parameters were obtained. Genotype-risk associations were studied. We then compared the averages registered for anthropometric and biochemical variables previously adjusted for biological and environmental factors. Results: According to the body mass index, 38.9% of the individuals in the sample were overweight (25=BMI=29.9 kg/m 2 ) and 20.1% were obese (BMI=30 kg/m 2 ). Genotype and allele frequencies did not differ statistically for groups with normal and high body mass index (overweight plus obesity). The association between LDLR rs5742911 ancestral genotype A/A and high risk condition related to HDL-cholesterol was the only one found to be significant (OR=2.944, 95% CI: 1.446-5.996; p=0.003). The difference in adjusted mean HDL-cholesterol for LDLR rs5742911 genotypes was statistically significant (p=0.005) (A/A: 41.50±14.81 mg/dL; A/G: 45.00±12.07 mg/dL; G/G: 47.17±9.43 mg/dL). Conclusions: For most of the genetic variants studied, there was an association with the presence of overweight and obesity among ancestral genotype carriers, although this was not statistically significant. The rs5742911 polymorphism may be useful as an indicator of a risk of chronic diseases.

Enfoque diagnóstico molecular utilizando secuenciación exómica en las distrofias musculares cintura-cadera / Molecular diagnosis approach through the use of whole exome sequencing in limb-girdle muscular dystrophies

Antecedentes. La distrofia muscular cintura-cadera tipo 1B es una enfermedad con herencia autosómica dominante y secundaria a una mutación en el gen LMNA. Esta enfermedad se caracteriza por su afectación a nivel neuromuscular y cardiaco. Objetivo. Realizar diagnóstico clínico y confirmatorio molecular en una paciente con debilidad muscular proximal y sintomatología cardíaca a través de secuenciación exómica. Materiales y métodos. Se presenta el caso de una paciente de 57 años de edad con cuadro de debilidad muscular proximal progresiva principalmente en extremidades y posterior afectación cardíaca; adicionalmente, la paciente tiene múltiples familiares con la misma sintomatología. Se realizó estudio de secuenciación exómica con confirmación, por método de Sanger, de la mutación hallada y posteriormente el análisis bioinformático de esta. Resultados. La detección de la mutación R377L en el gen LMNA por secuenciación exómica con confirmación por Sanger, junto con la sintomatología clínica de la paciente y el análisis bioinformático de la mutación hallada, permitió realizar diagnóstico confirmatorio de distrofia muscular cintura-cadera tipo 1B. Conclusión. Es difícil realizar un diagnóstico clínico debido a la heterogeneidad genética del fenotipo de distrofias musculares cintura-cadera. La aproximación diagnóstica es compleja y requiere clasificar las distrofias musculares según el patrón de afectación y el patrón de herencia de la enfermedad. Adicionalmente, debido a los múltiples genes que pueden generar clínica semejante a las diferentes distrofias musculares, se recomienda realizar secuenciación exómica solicitando especial énfasis en los genes candidatos de distrofias musculares cintura-cadera.

Background. Limb-girdle muscular dystrophy type 1B has a dominant autosomal inheritance pattern and is caused by a mutation in the LMNA gene. This disease has a major neuromuscular and cardiac compromise; furthermore, it belongs to the limb-girdle muscular dystrophies. Objective. To make a clinical and molecular confirmatory diagnosis in a patient with proximal muscular weakness and cardiac symptoms using whole exome sequencing. Materials and Methods. This is the case of a 57 year old patient with a slowly progressive proximal muscular weakness and cardiac compromise; furthermore, the patient has many relatives with the same clinical history. Whole exome sequencing with Sanger confirmation and bioinformatics analysis was performed on the found mutation. Results. The detection of mutation R377L in the LMNA gen by whole exome sequencing with Sanger confirmation, the bioinformatic analysis of the mutation and the symptoms exhibited by the patient allowed the confirmatory diagnosis of limb-girdle muscular dystrophy type 1b. Conclusion. Due to genetic heterogeneity in the phenotype of limb-girdle muscular dystrophies it is difficult to make a clinical diagnosis. The diagnostic approach is complex and requires classification of the muscular dystrophies according to the pattern of muscular weakness and to identify the disease inheritance pattern. Additionally, due to the multiple genes that can generate similar symptoms in the different muscular dystrophies, the authors recommend the use of whole exome sequencing with a special emphasis on the candidate genes for limb-girdle muscular dystrophies.

Estimation and comparison of conventional and genomic breeding values in Holstein cattle of Antioquia, Colombia / Estimación y comparación de valores de cría convencionales y genómicos en ganado Holstein de Antioquia, Colombia

Objective. To estimate and compare breeding values (EBV) using the conventional method (BLUP) and genomic breeding values (MEBV and GEBV) estimated through bayes C method for milk yield and milk quality traits in dairy cattle in Antioquia, Colombia. Materials and methods. Two methods were used to estimate breeding values: BLUP to estimate conventional breeding value (EBV) and bayes C to estimate genomic values (MEBV and GEBV). The traits evaluated were: milk yield (PL), protein percentage (PPRO), fat percentage (PGRA) and score somatic cell (SCS). The methods (BLUP and bayes C) were compared using Person correlation (r p), Spearman rank correlation (r s) and linear regression coefficient (b). Results. The Pearson and Spearman correlations among EBVs and genomic values (MEBV and GEBV) (r pMEBV;EBV and r sGEBV;EBV) were greater than 0.93 and the linear regression coefficients of EBVs on genomic values (MEBV and GEBV) (bMEBV;EBV, and bGEBV;EBV) ranged between 0.954 and 1.051 in all traits evaluated. Conclusions. The predictions of genomic values (MEBV and GEBV), using bayes C method were consistent with the predictions of the EBVs estimate through the conventional method (BLUP) in conditions of high Colombian tropic, allowing to obtain high associations between the breeding values.

Objetivo. Estimar y comparar valores genéticos (EBV) usando el método convencional (BLUP) y valores genómicos (MEBV y GEBV) mediante el método bayes C en características de producción y calidad de la leche en ganado Holstein de Antioquia, Colombia. Materiales y métodos. Fueron empleados dos métodos para estimar valores genéticos: BLUP para estimar valores genéticos (EBV) y Bayes C para estimar valores genómicos (MEBV y GEBV). Las características evaluadas fueron: producción de leche (PL), porcentaje de proteína (PPRO), porcentaje de grasa (PGRA) y puntaje de células somáticas (SCS). Los métodos BLUP y bayes C fueron comparadas usando correlación de Pearson (r p), correlación por rangos de Spearman (r s) y regresión lineal (b). Resultados. Las correlaciones de Pearson y Spearman entre los EBVs y los valores genómicos (MEBV y GEBV) (r pMEBV;EBV y r sGEBV;EBV) fueron mayores de 0.93 y los coeficientes de regresión entre los EBVs y los valores genómicos (MEBV y GEBV) (bMEBV;EBV, y bGEBV;EBV) oscilaron entre 0.954 y 1.051 en todas las características evaluadas. Conclusiones. La predicción de valores genómicos (MEBV y GEBV) usando el método Bayes C fue consistente con los EBVs estimados mediante el método BLUP en condiciones del trópico alto colombiano, permitiendo obtener altas asociaciones entre los valores genéticos.

La modulación de la expresión de IL-10 por el polimorfismo IL-10-592C/A (rs1800872) es independiente de la presencia y carga bacteriana de los periodontopatógenos clásicos / Modulation of IL-10 mRNA levels in periodontal lesions by IL-10-592C/A polymorphism (rs1800872) is independent of the frequency and load of classic periodontopathic bacteria

Objetivo: Reportamos la asociación entre el polimorfismo de nucleótido simple de IL-10-592C/A (rs1800872) y la detección/abundancia relativa de los periodontopatógenos Porfiromonas gingivalis, Tenerella forsythia, Treponema denticola y Aggregatibacter actinomycetemcomitans. Además investigamos la influencia de los determinantes genéticos y microbiológicos en los niveles de expresión de IL-10 en lesiones periodontales. Metodología Fueron reclutados 117 pacientes con periodontitis crónica y 58 controles. Luego del examen clínico fueron obtenidas muestras microbiológicas y la presencia/carga bacteriana de especies de periodontopatógenos fue cuantificada por RT-PCR. El genotipo para IL-10-592C/A fue determinado mediante restriction fragment length polymorphism. Resultados La distribución alélica del SNP rs1800872 en la población investigada cumplió con el equilibrio de Hardy-Weinberg (p = 0,64). Como ya ha sido reportado, los sujetos polimórficos demostraron menor expresión de IL-10 y riesgo aumentado de sufrir periodontitis crónica. El polimorfismo IL-10-592C/A no demostró relación con la detección o carga bacteriana de ninguna de las bacterias investigadas, además los niveles de expresión de IL-10 no fueron influenciados por el perfil microbiológico, sino que se correlacionaron directamente con el genotipo para el polimorfismo IL-10-592C/A.

Objective: A study was conducted to investigate the possible influence of the single nucleotide polymorphism (SNP) IL-10-592 C/A on the occurrence and load of the periodontal pathogens: P. gingivalis, T. forsythia, T. denticolaand A. Actinomycetemcomitans; as well to investigate the influence of microbial and genetic factors on the modulation of local IL-10 mRNA levels. Methodology The study included 117 cases and 58 controls. After clinical examination microbiological samples were obtained and the detection/quantification of the target bacterial species was performed by RT-PCR. SNP rs1800872 was assayed by restriction fragment length polymorphism (RFLP). Results Allele distribution of rs1800872 was in Hardy-Weinberg equilibrium (P = 64). As previously reported, polymorphic subjects demonstrated decreased IL-10 expression and increased risk of suffering chronic periodontitis. IL-10-592C/A rs1800872 SNP was not associated with the detection or the bacterial load of the investigated pathogens. Moreover, the presence/load of bacteria at periodontal sites did not influence IL-10 expression, which was determined by the genetic background of the study subjects. IL-10-592C/A SNP was not associated with detection/bacterial load of pathogenic bacteria. IL-10 expression levels were determined by the genetic background and were independent of the bacterial microenvironment.

Genética molecular del alcoholismo / Molecular genetics of alcoholism

El alcoholismo es una patología psiquiátrica compleja y de origen multifactorial en la que el factor genético explica alrededor del 50 % del fenómeno. Son numerosos los genes que se han asociado a esta enfermedad, pero su aporte individual es mínimo y contradictorio. Estos genes operan a través de características intermedias como la impulsividad y la sensibilidad al alcohol, lo que hace compleja la definición del fenotipo del alcoholismo. Los estudios de asociación de SNPs, de asociación a todo el genoma, de expresión y epigenéticos han identificado una amplia gama de variantes genéticas y epigenéticas, blancos para los estudios de susceptibilidad, diagnóstico y tratamiento farmacológico. Actualmente se comprenden mucho más estas relaciones y el desarrollo rápido de nuevas metodologías de estudio promete continuar este proceso, así como la generación de algoritmos de diagnóstico, prevención y tratamientos más acertados y confiables.

Alcoholism is a complex and multifactorial psychiatric pathology in which the genetic factor explains about 50% of the phenomenon. Numerous genes have been associated with the disease, but their individual contribution is minimal and contradictory. These genes operate through intermediate characteristics such as impulsivity and sensitivity to alcohol, which makes the definition of alcoholism phenotype a complex one. Association of SNPs, genome-wide association, expression and epigenetic studies have identified a wide range of genetic and epigenetic variants, targets for susceptibility studies, diagnosis and drug treatment. Currently, there is much more understanding of these relationships, and the rapid development of new methods of study promises to continue this process as well as the generation of algorithms for diagnosis, prevention and successful reliable treatments.

Análisis de asociación genética entre el SNP RS914458 del gen proteína tirosina fosfatasa no receptor tipo 1 (ptpn1) y diabetes tipo 2 en población peruana / Genetic association analysis between SNP rs914458 of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 1(ptpn1) gene and Type 2 Diabetes in Peruvian Population

Evaluar la posible asociación entre el SNP rs914458 (C>G) del gen PTPN1con la DM2 en una población de la zona urbana de Lima - Perú. Material y Métodos: El estudio incluyó un total de 216 personas de la zona urbana de Lima correspondientes a un grupo control (n = 123) y un grupo de pacientes diagnosticados con diabetes tipo 2 provenientes del Hospital A. Loayza (n = 93). La genotipificación del SNP se llevó a cabo mediante PCR y con un secuenciador ABI PRISM 310. El análisis de asociación se llevó a cabo con el uso de la herramienta web SNPStats para realizar cinco modelos de regresión logística. El efecto de la asociación genética se estableció con el valor de OR. Resultados: La frecuencia del MAF (alelo G) fue de 0.22 en el grupo de controles y en el grupo de pacientes. Ninguno de los modelos de regresión muestra valores de OR (considerando los CI) por encima o por debajo del valor de referencia. Conclusión: No se encontró asociación genética significativa entre el SNP rs914458 del gen PTPN1 y la DM2 para la población de la zona urbana de Lima - Perú...

Objective: Evaluate the association between SNP rs914458 (C>G) of PTPN1 gene with T2DM in a population from the urban area of Lima - Peru. Material and Methods: This study included a total of 216 subjects from the urban area of Lima. The number of subjects in control group was 123, and 93 patients diagnosed with type 2 diabetes from Hospital A. Loayza. SNP genotyping was performed by PCR and sequencing using ABI PRISM 310 DNA sequencer. The association analysis was carried out using the web tool SNPStats and five logistic regression models were performed. The effect of genetic association was established with the OR. Results: The frequency of MAF (allele G) was 0.22 in both control and patient groups. The OR values were not different from the reference values considering the respective confidence interval. Conclusion: No significant association was found between the SNP rs914458 and the PTPN1 gene with T2DM for the urban population of Lima - Peru...

Asociación y efectos de interacción en los genes AGT , AGTR1 , ACE , ADRB2 , DRD1 , ADD1, ADD2, ATP2B1, TBXA2R y PTGS2 sobre la hipertensión en la población antioqueña / Association and interaction of AGT, AGTR1, ACE, ADRB2, DRD1, ADD1, ADD2, ATP2B1, TBXA2R and PTGS2 genes on the risk of hypertension in Antioquian population

Introducción. La hipertensión arterial es una enfermedad multifactorial influenciada por componentes genéticos y ambientales, cuya prevalencia varía entre grupos étnicos. Se han llevado a cabo numerosos estudios en genes de sistemas reguladores de la presión arterial, como el sistema renina-angiotensinaaldosterona, el sistema nervioso simpático, los factores endoteliales, y el balance de sodio, mostrando resultados incongruentes entre poblaciones. Objetivos. Evaluar el efecto de variantes en los genes AGT , AGTR1 , ACE , ADRB2 , DRD1 , ADD1 , ADD2 , ATP2B1 , TBXA2R y PTGS2 y del componente ancestral individual, sobre la hipertensión arterial y las cifras de presión arterial en una muestra de población antioqueña. Materiales y métodos. Se genotipificaron 107 casos y 253 controles para 12 variantes en los genes AGT , AGTR1 , ACE , ADRB2 , DRD1 , ADD1 , ADD2 , ATP2B1 , TBXA2R y PTGS2 , y para 20 marcadores informativos de ascendencia. Se evaluó la asociación de los polimorfismos y sus interacciones, y de la composición genética ancestral con hipertensión y cifras de presión arterial. Resultados. Los genes ADD2 , rs4852706 (OR=3,0; p=0,023); DRD1 , rs686 (OR=0,38; p=0,012) y ADRB2 , rs1042718 (OR=10,0; p=0,008); y combinaciones genotípicas de DRD1 con AGTR1 ; de AGT con ADD1 ; y de ADD1 con ATP2B1 y PTGS2 , se asociaron con hipertensión arterial. El componente ancestral amerindio se asoció con disminución en la presión arterial diastólica. Conclusiones. Variantes en los genes ADD2 , DRD1 , ADRB2 , AGTR1 , AGT , ADD1 , ATP2B1 y PTGS2 , individualmente o en su interacción, se encuentran asociadas con hipertensión. El componente ancestral amerindio tiene un efecto sobre las cifras de presión arterial.

Introduction: Hypertension is a multifactorial disease influenced by genetic and environmental components, with its prevalence varying across ethnic groups. Manifold studies on blood pressure regulatory system genes have been carried out -such as the renin-angiotensin-aldosterone system, the sympathetic nervous system, endothelial factor, and sodium balance-, but the results yielded were inconsistent among populations. Objectives: To evaluate the effect of both variants in genes AGT, AGTR1, ACE, ADRB2, DRD1, ADD1, ADD2, ATP2B1, TBXA2R PTGS2, and the result of the individual ancestry component on hypertension and blood pressure levels among population in Antioquia. Methods and materials: 107 cases and 253 controls were genotyped for 12 variants on genes AGT, AGTR1, ACE, ADRB2, DRD1, ADD1, ADD2, ATP2B1, TBXA2R y PTGS2, and for 20 ancestry informative markers. The association of polymorphisms and their interactions, and the association of ancestral genetic composition with hypertension and blood pressure levels were examined. Results: Genes ADD2, rs4852706 (OR=3.0; p=0.023); DRD1, rs686 (OR=0.38; p=0.012) and ADRB2, rs1042718 (OR=10.0; p=0.008); as well as genotypic combinations of DRD1 and AGTR1; AGT and ADD1; and ADD1 to ATP2B1 and PTGS2 were associated to hypertension. The Amerindian ancestry component was associated to some decrease in diastolic blood pressure. Conclusion: Variants on genes ADD2, DRD1, ADRB2, AGTR1, AGT, ADD1, ATP2B1 and PTGS2 individually or interacting, are associated to hypertension. The Amerindian ancestry component has an effect on blood pressure.

Distribución de tres polimorfismos del gen TSLP en población afrodescendiente de San Basilio de Palenque, Colombia / Distribution of three polymorphisms of theTSLPgen in African-descendent population from San Basilio de Palenque, Colombia

Introducción. La linfopoyetina tímica del estroma ( Thymic Stromal Lymphopoietin, TSLP) se ha vinculado como un gen de propensión al desarrollo de enfermedades alérgicas. Se sabe que la población de Cartagena es una mezcla triétnica, en la cual el componente de herencia africana se asoció con el riesgo de asma y altos niveles séricos de IgE total. Este componente provino de esclavos africanos que lograron organizarse en "palenques", uno de ellos es San Basilio de Palenque, en la Costa Caribe colombiana. Objetivo. Determinar la distribución de los polimorfismos de nucleótido simple ( Single Nucleotide Polymorphism, SNP) rs1837253, rs17551370 y rs2289276 del gen TSLP en individuos afrodescendientes de San Basilio de Palenque. Materiales y métodos. Mediante PCR en tiempo real y sondas TaqMan SNP Genotyping ™ se genotipificaron estos SNP en 80 individuos afrodescendientes entre los 5 y 18 años de edad. Resultados. El alelo de menor frecuencia para el polimorfismo rs1837253 fue el alelo T (41,9 %), para el rs17551370, el alelo A (14,3 %), y para el rs2289276, el alelo T (22,5 %). La distribución de los polimorfismos rs17551370 y rs2289276 se mantuvo en equilibrio genético de Hardy-Weinberg. Las frecuencias alélicas de cada SNP no mostraron diferencias significativas con las reportadas para poblaciones africanas. Conclusiones. Los tres polimorfismos analizados en el gen TSLP estuvieron presentes en la muestra de población de San Basilio de Palenque y su distribución es similar a la reportada para poblaciones africanas y para poblaciones americanas de ancestro africano. Palabras clave: frecuencia de los genes, afroamericanos, polimorfismo de nucleótido simple, citocinas, endogamia, Colombia.

Introduction: Thymic stromal lymphopoietin (TSLP) has been linked as a susceptibility gene for the development of allergic diseases. It is known that the population of Cartagena is a triethnic mix, in which the component of African ancestry was significantly associated with risk of asthma and high total serum IgE levels. This component comes from African slaves brought into the continent and settled in "palenques", one of them is San Basilio de Palenque, in the Colombian Caribbean Coast. Objective: To analyze the distribution of single nucleotide polymorphisms (SNP) rs1837253, rs17551370 and rs2289276 located in TSLP gene, in the African-descendent population of San Basilio de Palenque. Materials and methods: By real time-PCR and probes TaqMan SNP Genotyping ™ , we genotyped three polymorphisms in 80 individuals of African-descent aged 5 to 18 years of age. Results: The frequency of the rs1837253 allele T was 41.9%, for the allele A, 14.3% for rs17551370, and 22.5% for the allele T of rs2289276. The rs17551370 and rs2289276 distribution remained in Hardy- Weinberg genetic equilibrium. The allele frequency of each SNP did not show statistically significant differences with those reported for other African and African-descendent populations. Conclusion: The three polymorphisms in the TSLP were present in the sample population of San Basilio de Palenque and its distribution is similar to that reported for African populations and African ancestry in America.

Evidencia de asociación entre el gen SLC6A4 y efectos epistáticos con variantes en HTR2A en la etiología del autismo en la población antioqueña / Evidence for association and epistasis between the genetic markers SLC6A4 and HTR2A in autism etiology

Introducción. El espectro autista constituye un grupo de trastornos graves del neurodesarrollo, con un fuerte componente genético. Se ha sugerido un papel importante del sistema serotoninérgico en el desarrollo de este grupo de trastornos, con base en los estudios de respuesta a medicamentos y la hiperserotoninemia, característica común en el autismo. Se han implicado múltiples moléculas en el metabolismo y la neurotransmisión de la serotonina; sin embargo, los resultados de los estudios han tenido poca congruencia entre diferentes poblaciones. Objetivos. Evaluar la relación entre el autismo y el polimorfismo de nucleótido simple (Single Nucleotide Polymorphism, SNP) en los genes SLC6A4, HTR2A e ITGB3, en una muestra de la población antioqueña. Materiales y métodos. Se genotipificaron 42 núcleos familiares con autismo para 10 variantes en los genes SLC6A4, ITGB3 y HTR2A. Se evaluó la asociación utilizando la prueba de desequilibrio en la transmisión. Se exploró el impacto de la interacción entre estos genes y el autismo, utilizando la reducción multidimensional. Resultados. Se encontró asociación de las variantes rs4583306 (OR=2,6, p=0,004) y rs2066713 (OR=2,2 p=0,03), en el gen SLC6A4, y asociación de combinaciones genotípicas entre los genes SLC6A4 y HTR2A y el riesgo de autismo (p=0,0001). Conclusiones. Se encontró asociación significativa con variantes en el gen transportador de serotonina con el autismo, al igual que interacción entre variantes en los genes HTR2A con SLC6A4. Estos resultados concuerdan con los de estudios previos en otras poblaciones y son pruebas a favor del papel del sistema serotoninérgico en la etiología del espectro autista.

Introduction. Autism spectrum disorders are severe neurodevelopmental disorders with a strong genetic component. The potential role of the serotoninergic system in the development of autistic disorder has been based on the observation of hyperserotoninemia in autistic subjects and the results of drug treatment studies. Multiple molecules involved in serotonin metabolism and neurotransmission have been studied; however, replication studies have been inconsistent. This may be partially related to the marked genetic heterogeneity of autism in different populations. Objectives. The relationship between autism and single nucleotide polymorphisms of SLC6A4, HTR2A and ITGB3 genes was evaluated in an urban population of northwestern Colombia. Materials and methods. In Antioquia, Colombia, 42 families with history of autism were screened for 10 SNPs in SLC6A4, HTR2A and ITGB3 genes and evaluated for associations with the transmission disequilibrium test. The interactions among these genes and autism was assessed with multidimensional reduction methods. Results. A significant main effect was seen among the SLC6A4 gene variants rs4583306 (OR=2.6, p=0.004) and rs2066713 (OR=2.2, p=0.03). No main effect of the ITGB3 or HTR2A variants was found, however, in the interaction effects, the SLC6A4 and HTR2A genes demonstrated significant evidence of association with autism (p<0.001). Conclusion. Significant association of markers were discovered within the SLC6A4 gene and the combination of SLC6A4 and HTR2A (S-A) genes to autism. These results were consistent with previous studies conducted in other populations and provide further evidence for the implication of the serotoninergic system in the etiology of autistic disorders.

IL-10 gene promoter polymorphisms and leprosy in a Colombian population sample / Polimorfismos en el gen promotor de IL-10 en una muestra de pacientes colombianos con lepra

Introduction. Polymorphisms in promoters of genes code for cytokines that affect transcription levels. Several have been associated with leprosy patients that have functional and clinical implications. Objective. Polymorphisms in the promoter of the IL10 gene of leprosy patients will be compared frequencies in normal population. Materials and methods. SNPs (single nucleotide polymorphism) -1082 A/G (rs1800896), -819C/T (rs1800871), and -592A/C (rs1800872) were identified in 100 leprosy patients and in a control group of 100 volunteers from a leprosy endemic region of Colombia. Results. The genotypes C/C and C/T in the SNP -819 were associated together with leprosy (OR=4.34, p<0.001).Similarly, the genotypes C/C and C/A in the -592 SNP showed an association (OR=4.3, p<0.001). The haplotypes -819C-519C and -1082A-819C-592C showed significant association (OR=4.34, p<0.001 and OR=6.25, p<0.001) respectively. These haplotypes in homozygosis conditions were also associated with leprosy: -819C-519C/-819C-519C (OR=4.34, p<0.001), -1082A -819C-592C/-1082A -819C-592C (OR=1.90, p=0.04). The SNP -1082 was not associated with leprosy in this population. Conclusions. The haplotypes associated with leprosy, -1082A-819C-592C/-1082A-819C-592C, have been reported as low producers of IL-10. Functionally, the low production of IL-10 may have immune response consequences and clinical implications. Additional haplotypes of IL-10 have been reported as markers for leprosy susceptibility or resistance in other ethnic populations. This suggests that differences in distribution of diverse IL-10 gene polymorphisms among ethnic groups may indicate important gene-disease associations.

Introducción. Se han reportado polimorfismos en los genes promotores que codifican para citocinas y que afectan los niveles de transcripción, con implicaciones clínicas y funcionales en pacientes con lepra. Objetivo. Detectar los polimorfismos en el gen promotor de la interleucina 10 (IL-10), de los polimorfismos de un solo nucleótido (Single Nucleotide Polymorphisms, SNP) -1082 A/G (rs1800896), -819C/T (rs1800871) y -592A/C (rs1800872), en 100 pacientes con lepra y un grupo control de 100 voluntarios, de una región endémica de Colombia. Resultados. Los haplotipos -819C-519C y -1082A-819C-592C mostraron asociación significativa con lepra: OR=4,34, p=1 x 10-3, y OR=6,25, p=5 x 10-4, respectivamente. Estos haplotipos en condiciones de homocigoto, están también asociados con lepra: -819C-519C/-819C-519C (OR=4,34 p=1 x 10-3), -1082A -819C-592C/-1082A -819C-592C (OR=1,90 y p=0,04). El SNP -1082 no se encontró asociado con lepra en esta población. Los genotipos C/C y C/T en el SNP -819, se encontraron asociados a lepra (OR=4,34, p=1 x 10-3); de igual manera, los genotipos C/C y C/A en el SNP -592 mostraron asociación (OR=4,34, p=1 x 10-3). Conclusiones. El haplotipo que encontramos asociado con lepra, -1082A-819C-592C/-1082A-819C-592C, se ha relacionado con baja producción de IL-10. Funcionalmente, esta baja producción de IL-10 puede tener consecuencias en la respuesta inmunitaria, además de implicaciones clínicas. Se han reportado diferentes haplotipos de IL-10 como marcadores de vulnerabilidad y resistencia de lepra en otras poblaciones, lo cual sugiere que las diferencias en la distribución de diversos polimorfismos del gen de IL-10 entre grupos étnicos, es un factor importante al determinar la asociación entre enfermedad y genes.

Genotificación de los polimorfismos -511, -31 y +3954 del gen de la interleucina 1 beta humana en una población colombiana con cuadro de dispepsia / Genetic characterization of the interleukin 1 beta polymorphisms -511, -31 y +3954 in a Colombian population with dyspepsia

Introducción. Varios estudios sugieren que algunos polimorfismos del gen de la interleucina-1beta humana (IL-1beta), como -511, -31 y +3954, están asociados al cáncer gástrico, debido al efecto inhibidor que esta citocina tiene sobre la secreción ácida del estómago, lo cual facilita la colonización e infección por agentes como Helicobacter pylori, así como la génesis de estados preneoplásicos que pueden conducir al desarrollo de cáncer. Objetivo. Genotipificar los polimorfismos +3954,-511 y -31 de la IL-1beta y establecer sus frecuencias en una población de pacientes con diferente sintomatología gástrica. Materiales y métodos. Se analizaron 111 biopsias del antro gástrico obtenidas de pacientes con sintomatología de alguna alteración gástrica. La detección de H. pylori en las muestras se realizó mediante PCR empleando iniciadores específicos para cada región y la genotipificación de las regiones polimórficas de la IL-1beta se realizó por RFLP empleando las enzimas Aval, Alul y Taql para -511, -31 y +3954, respectivamente. Resultados. Se detectó H. pylori en 59,5% de las biopsias gástricas, mientras que el estudio histopatológico reveló que 82,9% de los pacientes padecía alguna enfermedad. La caracterización de las regiones polimórficas del gen de la IL-1beta, seguida de la tipificación por RFLP, permitió evidenciar los tres posibles genotipos de cada uno de los polimorfismos en la población. En los pacientes infectados por H. pylori se encontró con mayor frecuencia (28,6%) el genotipo CC en la región polimórfica -31. Conclusión. No se encontraron diferencias significativas en los genotipos de los individuos infectados y los no infectados por H. pylori, a excepción del genotipo CC en la región polimórfica -31, el cual se encontró con mayor frecuencia en los pacientes con enfermedades benignas.

Introduction. The human interleukin-1beta gen (IL-1 beta) polymorphisms such as -511, -31 and +3954 have been associated with the presence of gastric cancer, due to the inhibitor effect that this protein has on acid secretion in the stomach. Thisfacility can enhance the colonization and infection by agents like Helicobactor. pylori and the genesis of preneoplastic states that can lead to cancer development. Objective. Three polymorphisms of IL-1beta (+3954, -511 and -31) will be genetically characterized and their frequencies established in a population of patients with gastric symptoms. Materials and methods. Gastric antrum biopsies were obtained from 111 patients that showed signs of gastric disorder. A PCR was done to detect the H. pylori presence; a PCR using designed primers for specific regions was done to define the three polymorphic regions of IL-1beta, and a RFLP was carried out using Aval, Alul and TaqI for the position -511, -231 and +3954 for each case. Results. Helicobacter pylori was detected in 59.5% of the evaluated gastric while the histopathology study revealed that 82.9% of patients had some pathology. Characterization of polymorphic regions of IL-1beta gen were joined to RFLP typing evidenced that all descfribed genotypes were present in the study population. However, patients with benign pathologies infected with H. pylori had a high frequency of the CC genotype (28.6%) in the -31 polymorphic regions.Conclusion. No significant differences were found between the genotype frequenciess of the H. pylori-infected and the non-infected populations with one exception. The CC genotype in the -31 polymorphic region was associated with benign pathologies.